Mzdová dokumentace musí být uchovávána po zákonem stanovenou dobu. Jednotlivé dokumenty mají různé archivační lhůty. Některé záznamy je nutné uchovávat desítky let. Důvodem je zejména důchodové zabezpečení zaměstnanců. Archivace se týká výplatních listů, evidenčních listů i dalších dokumentů. Zaměstnavatel odpovídá za jejich bezpečné uchování. Dokumenty mohou být uloženy elektronicky i fyzicky. Důležitá je ochrana osobních údajů. Správně vedený archiv usnadňuje kontroly úřadů. Pomáhá také při řešení sporů se zaměstnanci. Nedostatečná archivace může vést ke komplikacím i sankcím. Proto by měla být nedílnou součástí personální a mzdové agendy.